Seria D.Gray-Man il are in centru pe Allen Walker, un tanar de 15 ani care a avut o viata nu tocmai linistita. Parasit de parinti din cauza unui brat deformat, el este adoptat de un barbat misterios pe numele sau Mana Walker. Dupa moartea acestuia Allen face un pact cu Contele Mileniului si descopera ca este posesorul unui fragment dintr-o substanta numita Inocenta si gratie ei capata puteri speciale. Allen este recrutat de Ordinul Negru al carui scop este oprirea cu orice pret a Contelui Milenuilui de a-si crea armata de demoni. Daca Ordinul beneficiaza de sprijinul Vaticanului si are un rol aproape mesianic de a salva lumea prin identificarea posesorilor Inocentei, Contele este ajutat de descendentii lui Noe in a aduce un nou potop biblic. Singura sansa a oamenilor este ca Ordinul sa identifice cat mai repede posesorul celui mai important fragment al Inocentei care poate sa distruga sau sa salveze lumea, in functie de cum este folosit.